Cómo funciona la plataforma que reúne 27 mil genomas del coronavirus

Los genomas secuenciados están en una base de datos internacional de acceso abierto llamada Gisaid que recibe aportes de científicos de todo el mundo. El sitio Nextstrain toma esa información y los analiza a tiempo real. La importancia de secuenciar y compartir información es que ayuda a entender mejor cómo se comporta el virus con el objetivo de encontrar una vacuna

Por Desirée Jaimovich

Imagen de archivo de una trabajadora sanitaria almacenando muestras en el departamento de exámenes de COVID-19 del Broussais Hospital, en París, Francia. 11 de mayo, 2020. (Alain Jocard/Pool via REUTERS)

Entender cómo muta y se propaga el coronavirus es clave para encontrar formas efectivas de lidiar con la pandemia y en última instancia desarrollar una vacuna así como medidas de tratamiento efectivo para la enfermedad.

En este sentido, recopilar datos epidemiológicos de todo el mundo, procesarlos y analizarlos es clave para llegar a este objetivo. Y ésa es la misión de Nextstrain, un proyecto de código abierto que rastrea la evolución de diferentes patógenos, entre ellos el SARS-Cov-2 causante del Covid-19.

Nextstrain es de acceso público y se nutre con información de una base de datos internacional llamada Gisaid ( las siglas en inglés de “Iniciativa Global para Compartir Datos sobre Influenza”), que fue creada en 2008 para compartir datos sobre el virus de la influenza y ahora para hacer lo mismo sobre el nuevo coronavirus.

Nextstrain incluye un mapa interactivo donde al presionar "play" se puede ver cómo se fue propagando el virus y por qué zonas ingresó en los diferentes países del mundo.

Científicos de todo el mundo aportan datos a esta plataforma y se convirtió en una referencia muy importante a nivel epidemiológico porque favorece el trabajo colaborativo que permite diseñar estrategias de intervención en materia de salud. En este sitio hay información sobre 27 mil secuencias genómicas virales de SARS-CoV-2 y se suman cientos de datos nuevos a diario.

“Proporcionamos una vista continuamente actualizada de los datos disponibles públicamente junto con potentes herramientas analíticas y de visualización para uso de la comunidad. Nuestro objetivo es ayudar a la comprensión epidemiológica y mejorar la respuesta al brote”, se lee al ingresar a Nextstrain que, como se mencionó, es una herramienta para visualizar los miles de datos recopilados por Gisaid.

Qué es un genoma

El genoma de cualquier organismo son las instrucciones genéticas necesarias para su funcionamiento y reproducción. En el caso del coronavirus las instrucciones están codificadas en 30 mil letras de ARN (A, C, G y U).

Cuando una célula es infectada por el coronavirus, se reproducen millones de copias del genoma original. A medida que la célula copia ese genoma, a veces se generan “errores” que consisten en la variación de una letra (puede, por ejemplo, cambiar la U por la G).

El sitio también permite ver por país los miles de genomas secuenciados. Al apoyarse en cada nodo se despliegan los detalles de la información.

Esos errores tipográficos que se producen al azar son conocidos como mutaciones y se van acumulando a medida que el virus se propaga.

La importancia de secuenciar los genomas

“Estudiar la secuenciación es importante, para ver si hay mutaciones”, analiza el médico infectólogo Pedro Cahn, en diálogo con Infobae. Y subraya que tiene mucha importancia para el desarrollo de una eventual vacuna.

Por su parte, Julio Caramelo, doctor en química e investigador del Conicet en el Instituto Leloir, donde se desarrolló el test argentino para detectar anticuerpos de Covid-19, explicó a este medio que conocer la tasa de mutación “ es importante a la hora de diseñar una vacuna que sea efectiva a lo largo del tiempo. También es importante en el diseño de los kits de diagnóstico, para que detecten todas las variantes que circulan del virus. Si el virus mutara mucho puede llegar un momento en que los métodos de diagnóstico dejen de detectar a todas las variantes del virus. Eso haría que suba la tasa de falsos negativos, con lo cual habría que recalibrar lo métodos para evitarlo”.

La imagen del microscopio muestra al SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, aislado de una muestra tomada a un paciente (NIAID-RML/Handout via REUTERS)

Qué se sabe de las mutaciones y las cepas

No todas las mutaciones dan origen a una nueva cepa. Se habla de una nueva cepa cuando las modificaciones (mutaciones) generan cambios relevantes en la capacidad del virus de generar la enfermedad, en su estabilidad o en la capacidad de virus de ser bloqueado por el sistema inmunológico.

“Los cambios observados son más bien puntuales. Creo que es correcto por ahora hablar de una sola cepa”, analiza Caramelo. Por su parte, Vincent R. Racaniello, docente del Departamento de Microbiología e Inmunología de la Universidad de Columbia, explica lo siguiente en su blog Virology.ws

“Solo hay una cepa de SARS-CoV-2. El primer virus aislado, tomado de un paciente de Wuhan en diciembre de 2019 es la misma cepa que el virus aislado más reciente tomado en cualquier otro lugar del mundo en mayo de 2020. Hasta ahora nadie ha demostrado que ninguno de estos virus aislados difieran en ninguna propiedad fundamental”.

Una imagen del coronavirus creada por computadora por Nexu Science Communication junto con Trinity College en Dublin (NEXU Science Communication/via REUTERS).

Cabe señalar que esta es la situación actual pero como todo es dinámico podría variar. De ahí la importancia de identificar las secuencias de los miles de genomas del virus que hay en el mundo para ver si en algún caso hay alguna variación que sí permite hablar de una nueva cepa y por ende implique la necesidad de hacer cambios en los testeos de diagnóstico así como en los proyectos de investigación para buscar una vacuna efectiva.

El recorrido del virus

En Nextstrain el análisis muestra una aparición inicial del virus en Wuhan, China, en noviembre-diciembre de 2019, seguida de una transmisión sostenida de persona a persona que se fue diseminando por el mundo.

Nextstrain incluye un dato de todas las mutaciones identificadas en los 27 mil genomas secuenciados a la fecha.

En el caso de Nueva York, según datos aportados por dos estudios que aún no fueron revisados por pares, el virus ingresó a esa zona principalmente desde Europa. En tanto que en la costa Oeste habría ingresado directamente desde Asia.

En América Latina se puede registrar los primeros ingresos del virus a la región tanto desde Asia como desde Europa. Todo esto se puede ver en el mapa de visualización que aporta Nextstrain donde también se da cuenta de la cantidad de genomas secuenciados así como de las mutaciones halladas.

https://www.infobae.com/america/tecno/2020/05/18/como-funciona-la-plataforma-que-reune-27-mil-genomas-de-covid-19/